ارزیابی تنوع ژنتیکی اکوتیپ‎های زیره سیاه ایران (Bunium persicum Boiss) با توالی‎یابی نواحی ITS ازDNA ریبوزومی هسته

نوع مقاله: مقاله علمی - پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری، گروه مهندسی علوم زیستی، دانشکده علوم و فنون نوین، دانشگاه تهران

2 دانشیار، گروه علوم زراعی و اصلاح نباتات، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران

3 نویسنده مسئول مکاتبات، استاد، گروه تحقیقاتی زیست فناوری، مؤسسه تحقیقات جنگلها و مراتع کشور، تهران

4 استاد، گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج

5 استادیار، گروه بیوتکنولوژی و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل

چکیده

زیره سیاه گیاه علفی و چند‎ساله از خانواده چتریان است و رویشگاه طبیعی آن به ایران و تعداد کمی از کشورهای همسایه محدود می‎شود. با هدف ارزیابی تنوع ژنتیکی زیره سیاه ایران، نه اکوتیپ این گیاه از مناطق مختلف کشور جمع‎آوری شد و ناحیه ITS2 و همچنین ناحیه ITS1-5.8s rRNA- ITS2  روی آنها تکثیر و تعیین توالی شد. توالی‎ها به روش ClustalW توسط نرم‎افزار MegAlign هم‎ردیف‌سازی شده و دندروگرام روابط فیلوژنیک و ماتریس تفاوت و تشابه توالی‎ها ترسیم گردیدند. نتایج، تنوع ژنتیکی کمی را بین اکوتیپ‎ها نشان داد که در مقایسه با مطالعه پیشین نویسندگان با استفاده از نشانگرهای مورفولوژیک و بیوشیمیایی، تنوع کمتری داشتند. همچنین، در دو اکوتیپ دانشگاه مشهد و کلات نادری، توالی ناحیه ITS1-5.8s rRNA- ITS2 مقایسه شده با توالی‎های پایگاه داده ref-seq genomic در سایت BLAST، با گیاهانی مانند آرابیدوپسیس، برنج، سورگوم و انگور سیاه بیشترین درصد شباهت را داشتند. باتوجه به عدم شباهت نتایج حاصل از نشانگر ITS با نتایج حاصل از تعداد قابل توجهی از صفات مورفولوژیک و شیمیایی، این تفاوت بین اکوتیپ‎ها قابل توجه نبود. در مجموع، نشانگر ITS2 برای بررسی تنوع ژنتیکی درون گونه‌ای چندان مناسب به نظر نمی‌رسد و پیشنهاد می‎گردد از سایر نشانگرهای مولکولی برای بررسی تنوع ژنتیکی زیره سیاه استفاده گردد. 

کلیدواژه‌ها