1
دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه ژنتیک، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز، ایران
2
گروه ژنتیک و به‌نژادی گیاهی، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز، ایران
10.22092/ijrfpbgr.2025.367090.1467
چکیده
سابقه و هدف: تکنولوژی توالییابی نسل بعدی (NGS) فرصتی را برای تجزیه و تحلیل نشانگر مولکولی ریزماهواره که به ژن‌های مسیرهای بیوشیمیایی مرتبط است، ارائه می‌دهد. نشانگرهای مولکولی ریزماهواره روشی قدرتمند برای درک تنوع ژنتیکی هستند. در این مطالعه، از توالییابی ترانسکریپتوم گیاه دارویی هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis) برای اولین بار جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. مواد و روش: در این پژوهش از داده‌های مطالعه توالییابی ترانسکریپتوم میوه گیاه دارویی هندوانه ابوجهل که تعداد 83807 توالی نوپدید ایجاد کرده بود، استفاده شد. مجموعه رونوشت‌های هم‌گذاری شده گیاه هندوانه ابوجهل برای تعیین فراوانی و توزیع ریزماهواره‌ها بررسی شدند. ما نشانگرهای ریزماهواره را با استفاده از یک ابزار شناسایی قوی و فوق سریع با رابط گرافیکی کاربر پسند برای بررسی گسترده ژنوم ریزماهواره‌ها، به نام Krait v1.5.1 جست‌وجو کردیم. هم‌چنین آغازگرهای اختصاصی نشانگرهای ریزماهواره شناسایی شده توسط نرم‌افزار Krait طراحی گردید و به صورت فایل Fasta ذخیره شد. برای تفسیر کارکردی بلاست ایکس و مقایسه شباهت ژنی توسط نرم‌افزار Venny توالی‌های دارای ریزماهواره ترانسکریپتوم هندوانه‌‌ی ابوجهل علیه توالی‌های نوکلئوتیدی پنج ژنوم مرجع شامل یونی‌‌پرات (Uniprot)، آرابیدوپسیس (Arabidopsis thaliana (Atha)))، هندوانه گرد ((Clan) Citrullus lanatus ))، خیار چنبر تلخ((Mcha)Momordica charantia )) و هندوانه چارلستون گری ((WCG) Citrullus lanatus Charleston Gray)) با مقادیر خطای (E-Value) کم‌‌تر از یک‌‌صد هزارم (10e-5) بلاست شدند. در تفسیر کارکردی دیگر توالی تک‌‌ژن‌‌های حاوی ریزماهواره در سرور تفسیر اتوماتیک (KEGG http://www.Genome.Jp/kegg/kaas) بارگذاری شده و با استفاده از شناسه‌‌های اختصاصی (KO KEGG Orthology) تفسیر شدند. روش اجرایی شناسه‌‌های اختصاصی KO بر اساس روش تک راهنمای شناسایی بهتر
)