Comparison of different methods for isolating of total RNA from leaf of three Thyme species rich in secondary metabolites

Medicinal plants are rich sources of natural products used for production of pharmaceutical products. Thymus genus belongs to the Lamiaceae family which has more than18 different species distributed in different areas of Iran. Pharmacological effects of thyme are related to phenolic monoterpenes such as carvacrol and thymol. Despite pharmacological effects, the phenolic compounds and other secondary metabolites are major problem for isolation of high quality RNA in gene expression analysis and genetic engineering. In the present study, seven different isolation protocols were compared to extract total RNA from three Thyme species rich in phenolic secondary metabolites in terms of quality and quantity of RNA samples with respect to spectrophotometric reading, denaturing agarose gel electrophoresis, Reverse Transcription Polymerase Chain (RT-PCR) and Real Time-PCR reactions. Three methods of isolation together with two commercial buffers and two kits that were commercially available were used. Results indicated that RNA isolated bymodified SDS- phenol protocol was goodquality and quantity, where standard RNA isolation methods involving GeneJET Plant RNA Purification Mini Kit and TRIZol extraction buffers failed. Finally, we proposed a new suitable protocol for isolating RNA from Thyme leaves rich in secondary metabolites. mes areast-theme-font:minor-fareast;mso-bidi-font-family: "B Badr";mso-ansi-language:EN-US;mso-fareast-language:EN-US;mso-bidi-language: FA'>RNA مناسب برای تجزیه و تحلیل بیان ژن و مهندسی ژنتیک محسوب می­شوند. هدف از انجام این پژوهش، مقایسه روش­های مختلف استخراج RNA و معرفی یک روش مناسب جهت استخراج RNA  از سه گونه آویشن غنی از ترکیبات فنولی بود. ازاین­رو، هفت دستورالعمل استخراج RNA شامل سه روش، دو کیت و دو بافر تجاری استخراج  RNAاز نظر کمیت و کیفیت RNA استخراج شده، ارزیابی و مقایسه شدند. به‌منظور ارزیابی کمیت و کیفیت RNA از خواندن جذب در طول موج 260، 280 و 230 نانومتر، محاسبه نسبت جذب 280/260 و 230/260، الکتروفورز ژل آگارز، واکنش­های RT-PCR و Real-Time PCR استفاده شد. از بین روش­های مورد مطالعه، کمیت و کیفیت RNAی استخراج شده با روش فنل/ SDSنسبت به روش­های دیگر ازجمله TRIzol^® برای هر سه گونه ­آویشن مناسب­تر بود. از محاسن این روش کوتاه بودن زمان استخراج و ساخت دستی بافر اشباع با تریس بود که در گزارش­های قبلی به­شکل آماده خریداری شده است. در نهایت، روش فنل/ SDS تغییریافته برای استخراج  RNAاز برگ­های غنی از ترکیبات فنولی آویشن معرفی شد.