در این مطالعه تنوع ژنتیکی 19 توده مختلف بنگدانه (L. Hyoscyamus niger) جمعآوری شده از نقاط مختلف کشور با استفاده از نشانگر مولکولی RAPD بررسی شد. به این منظور از برگهای جوان، DNA ژنومی استخراج و واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) با استفاده از 16 آغازگر RAPD بر روی DNAی ژنومی تودههای مورد مطالعه انجام گردید و 208 نوار باندی DNA تولید نمود که 196 تا از(31/94%) باندها چند شکلی نشان دادند. نوارهای باندی براساس وجود (1) یا عدم وجود باند (0) کد گذاری و با استفاده از نرمافزار NTSYS-pc تجزیه دادهها انجام شد. با استفاده از ضریب تشابه جاکارد ماتریس تشابه تودهها محاسبه شد و بر اساس آن تجزیه خوشهای به روش UPGMA انجام و دندروگرام آن ترسیم گردید. در دندروگرام حاصل، تودههای مورد مطالعه در 4 گروه اصلی طبقهبندی شدند. در نهایت توده اصفهان بیشترین تفاوت را با سایر تودهها نشان داد، به طوری که در گروهی کاملاً مجزا قرار گرفت و بیشترین شباهت میان تودههای رودبار- 2 و سیاهکل- 1 با میزان تشابه 80/0 مشاهده شد. به طور کلی نتایج این مطالعه وجود تنوع ژنتیکی در حد متوسطی را در بین تودههای مورد بررسی نشان داد. همچنین نتایج این تحقیق بیانگر آن است که RAPD روش مناسبی برای انگشتنگاری و ارزیابی تنوع ژنتیکی در میان تودههای بنگدانه میباشد.