مقایسه روش‌های مختلف استخراج RNA کل از سه گونه آویشن غنی از ترکیبات فنولی و متابولیت‌های ثانویه

نوع مقاله: مقاله علمی - پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه زراعت و اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، گیلان

2 نویسنده مسئول مکاتبات، استاد، گروه زراعت و اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، گیلان پست‌الکترونیک: rabiei@guilan.ac.ir

3 استادیار، گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، گیلان

چکیده

گیاهان دارویی منبع غنی از مواد مؤثره برای تولید فراورده­های دارویی هستند. جنس آویشن (Thymus) متعلق به خانواده نعناعیان است که بیش از 18 گونه آن در نواحی مختلف ایران پراکنش دارند. اثرات دارویی این گیاه مربوط به ترکیبات مختلف ازجمله مونوترپن­های فنولی کارواکرول و تیمول است، اما این ترکیبات فنولی و متابولیت­های ثانویه دیگر به­عنوان مشکل اصلی استخراج RNA مناسب برای تجزیه و تحلیل بیان ژن و مهندسی ژنتیک محسوب می­شوند. هدف از انجام این پژوهش، مقایسه روش­های مختلف استخراج RNA و معرفی یک روش مناسب جهت استخراج RNA  از سه گونه آویشن غنی از ترکیبات فنولی بود. ازاین­رو، هفت دستورالعمل استخراج RNA شامل سه روش، دو کیت و دو بافر تجاری استخراج  RNAاز نظر کمیت و کیفیت RNA استخراج شده، ارزیابی و مقایسه شدند. به‌منظور ارزیابی کمیت و کیفیت RNA از خواندن جذب در طول موج 260، 280 و 230 نانومتر، محاسبه نسبت جذب 280/260 و 230/260، الکتروفورز ژل آگارز، واکنش­های RT-PCR و Real-Time PCR استفاده شد. از بین روش­های مورد مطالعه، کمیت و کیفیت RNAی استخراج شده با روش فنل/ SDSنسبت به روش­های دیگر ازجمله TRIzol® برای هر سه گونه ­آویشن مناسب­تر بود. از محاسن این روش کوتاه بودن زمان استخراج و ساخت دستی بافر اشباع با تریس بود که در گزارش­های قبلی به­شکل آماده خریداری شده است. در نهایت، روش فنل/ SDS تغییریافته برای استخراج  RNAاز برگ­های غنی از ترکیبات فنولی آویشن معرفی شد.

کلیدواژه‌ها